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Um einen MD5-Hash für Musikdateien zu berechnen, benutze ich gerne shnhash.

Dafür benötigt man vorzugweise Wave-Dateien im PCM-Format. Für die Umwandlung bietet sich mplayer an, da es sehr viele Formate unterstützt:

mplayer -vc null -vo null -ao pcm:fast:file=out.wav input